La conducción de la Universidad está a cargo del Rectorado y del Consejo Superior Universitario. El primero incluye al Rector o Rectora y a los Vicerrectores, que trabajan con la colaboración directa de sus respectivas Direcciones.
El Consejo Superior Universitario es el órgano colegiado de Gobierno de la Universidad y está compuesto por el Rector o Rectora, los Consejos Directivos de las Facultades, un consejero representante de los no docentes y el representante de la región del Órgano Empresarial Administrativo.
Hay constituidas tres Facultades:
El gobierno y conducción de estas Facultades está a cargo de sus respectivos Consejos Directivos, conformados por los Decanos y los representantes de los claustros de Profesores, Docentes Auxiliares y Alumnos.
La Asamblea Universitaria es el órgano superior de gobierno, donde están representados los claustros de profesores, docentes auxiliares, alumnos y no docentes, y además los distritos con Sede Académica de la Universidad. Entre otras atribuciones, la Asamblea elige al Rector, modifica el Estatuto y crea o suprime Facultades.
Además, la Universidad cuenta con el Consejo Social. Sus Miembros Titulares son los Intendentes de los Distritos donde la UPSO tiene Sedes Académicas. Dicho Consejo da su acuerdo para definir qué carrera se dicta en cada localidad e interviene en la creación o supresión de Sedes Académicas.